APPLICATIONS

Ferramentas para pesquisa computacional.

Catálogo público das aplicações científicas que podem compor análises, pipelines e jobs no ecossistema LABIO.NETWORK.

12 aplicações no catálogo inicial

8 áreas computacionais

CPU/GPU perfis de recursos distintos

Workspace execução após autenticação

APPLICATION CATALOG

Do software científico ao job.

O catálogo público apresenta a finalidade de cada aplicação. Configurações, versões, inputs e execução pertencem ao ambiente autenticado.

DINÂMICA MOLECULAR Catálogo

GROMACS

Simulação de dinâmica molecular e análise de trajetórias.

Função Simulação molecular

Perfil CPU / GPU

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DOCKING Catálogo

AutoDock Vina

Docking molecular e geração de poses de interação receptor-ligante.

Função Virtual screening / docking

Perfil CPU

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DOCKING Catálogo

GNINA

Docking molecular com funções de scoring baseadas em aprendizado profundo.

Função Docking / rescoring

Perfil CPU / GPU

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SEQUÊNCIAS Catálogo

BLAST+

Busca de similaridade entre sequências biológicas.

Função Sequence search

Perfil CPU

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SEQUÊNCIAS Catálogo

MMseqs2

Busca e agrupamento de sequências em conjuntos de grande escala.

Função Search / clustering

Perfil CPU

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ALINHAMENTO Catálogo

MAFFT

Alinhamento múltiplo de sequências de nucleotídeos e proteínas.

Função Multiple alignment

Perfil CPU

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ESTRUTURAS Catálogo

FreeSASA

Cálculo de área de superfície acessível ao solvente.

Função Structural analysis

Perfil CPU

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QUIMIOINFORMÁTICA Catálogo

Open Babel

Conversão e manipulação de formatos moleculares.

Função Molecular preparation

Perfil CPU

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GENÔMICA Catálogo

fastp

Controle de qualidade e pré-processamento de dados de sequenciamento.

Função Read preprocessing

Perfil CPU

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GENÔMICA Catálogo

SPAdes

Montagem de genomas e dados metagenômicos.

Função Genome assembly

Perfil CPU / RAM

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EVOLUÇÃO Catálogo

HyPhy

Análises de evolução molecular e seleção em sequências.

Função Molecular evolution

Perfil CPU

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DESENVOLVIMENTO Catálogo

Biopython

Biblioteca Python para manipulação e análise de dados biológicos.

Função Scripting / workflows

Perfil CPU

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APPLICATION REGISTRY

Uma aplicação é mais que um nome no catálogo.

A camada operacional poderá descrever requisitos e interfaces necessárias para executar uma aplicação de forma controlada.

Identidade Nome, versão e finalidade científica.

Inputs / outputs Arquivos e dados aceitos ou gerados.

Recursos CPU, memória, GPU e perfil computacional esperado.

Ambiente Dependências e ambiente de execução definidos para o job.

Proveniência Informações necessárias para rastrear como a análise foi executada.